农业生态系统是在一定时间和地区内，人类从事农业生产，利用农业的生物群落与非生物的环境之间的相互关系，并通过物质的循环和能量的转移，构成具有一定的结构和功能的体系。结构是指生物的种类和数量及占有空间的关系，以及系统中的有机、无机物质的数量；功能是指系统中能量的获得及转化，水分和养分的循环。
因此，农业生物的基本组成有以绿色植物为主的生产者、以动物为主的消费者和以微生物为主的分解者，但是，农业生物的种类与自然生态系统的生物种类有明显的不同，农业生物主要是经过人类栽培的各种农作物或饲养的畜、禽、鱼、贝、藻类等，以及与这些生物有密切关系的生物种群，如有害的各种病虫害，有益的根瘤菌、寄生蜂、蚯蚓、青蛙等。
农业环境是以农业生物为主体，围绕主体的一切客观物质条件和社会条件的总和，它主要包括气候要素、土壤要素、水要素、地形要素、生物要素和人为因子等。由此可见，农业生态系统介于自然生态系统与人工生态系统之间，是被人类驯化了的自然生态系统。
农业生态系统不仅受自然因素的制约，而且受人为过程的影响，因此具有与自然生态系统明显不同的特点。