农业生态系统的特点主要表现在以下几方面。
1．农业生态系统是自然因素和人类农业生产活动综合作用下形成的复杂系统：农业生产的自然再生产过程并不完全是自然进行的，它是按照人类的意图，通过一定的科学技术手段，进行定向的变化和发展的。也就是说，生态系统范围内的物质种类，只能符合人类的要求（可食或可用）才予以扶持和发展，而对于妨碍此类生物正常生长发育的其他生物种群，则采取抑制或杀灭的手段。
2．农业生态系统的结构较自然生态系统简单：人类为了追求高产，往往以单一的高产作物和家畜品种代替丰富多彩的自然生物种群，所以，系统内的动、植物种类明显减少，食物链也变得单纯而简短了。
3．农业生态系统是一种开放系统：农业生态系统生产出来的产品大部分输出系统外，被人类所利用。同时，为了维持系统内物质循环和能量转化的正常进行，人类必须从该系统外输入各种有机、无机物质，如肥料、农药等，这样就形成了输入输出关系，呈现出开放性。
4．农业生态系统需要提供辅助能源：农业生态系统除了主要依靠太阳辐射能以外，还需要人类提供辅助能源，如机械、化肥、农药、排灌、收获、运输、贮藏和加工等。而自然生态系统则以太阳能为唯一的能源。
5．农业生态系统单位面积土地的净生产量显著高于自然生态系统：由于人类采取各种技术措施，选用高产良种，使栽培植物的光能利用率大幅度提高，全世界耕地的平均光能利用率为0.2%左右，我国主要农作物的光能利用率已达到0.4%，而自然生态系统的光能利用率还不到0.1%。