纯净的水是没有颜色的，但我们经常看到的水有或这或哪的颜色，是因为：
（1）水的光学性质，即海水对太阳光线的吸收、反射和散射。这是水的颜色主要是原由
（2）杂质
（3）水底颜色
一、海水偏蓝色
选择吸收是物体呈现颜色的主要原因。在一定的波长范围内，若物质对通过它的各种波长的光都作等量（指能量）吸收，且吸收量很小，则称这种物质为一般吸收；若物质吸收某种波长的光能比较显著，则称这种物质具有选择吸收性。太阳光照射到海面时，一部分光被反射回来，另一部分光折射进入水中。进入水中的光线在传播过程中会被水吸收。水对光的吸收与光的波长有关，即水具有选择吸收性。水对波长较长的光吸收显著，对波长较短的吸收不明显。红光、橙光和黄光在不同的深度时均被吸收了，并使海水的温度升高。到一定的深度绿光也被吸收了。而波长较短的蓝光和紫光遇到水分子或其他微粒会四面散开，或反射回来。所以当海水明净清澈时，目光中被海水吸收最少的蓝光和紫光就反射和散射到我们眼里，我们看见的大海就呈现出蓝色。
人们自然会提出这样一个问题，紫光波长最短，散射和反射应当最强烈，为什么海水不带紫色呢？实验表明，人眼对紫光很不敏感，因此对海水反射的紫光视而不见。所以海水不呈现紫色，完全是因为人眼没有如实反映情况的缘故。
（参考：
http://www.hzchyx.com/oblog3_xuesheng/user1/379/archives/2005/491.asp）
二、湖水偏绿色
湖水的绿是因为水里面有大量的藻类.把红橙色和男绿色的光都吸收了.所以从水里射出来的光都是绿的.
（同理赤潮时红色的海水也是一种红色的藻类大量繁殖造成的.）
三、其他特殊颜色
我国的黄海，看上去一片黄绿，这是因为古代黄河夹带的大量泥沙将海水“染黄”了。虽然现在黄河改道流入渤海，但黄海北部有宽阔的渤海海峡与之相通，加之它还有淮河等河水注入，故海面仍呈浅黄色。
亚非两洲之间的红海，因其水温很高，海里生长着一种水藻，大批死亡后呈红褐色，将海水染成红色。红海由此而得名。
而黑海，由于多瑙河、顿河、第聂伯河等河水的注入，表层密度很小，深层受地中海高盐度海水影响，密度很大。这样，上层密度小，下层密度大，且差异很大，上下层水体难以交换。黑海与地中海之间也仅有 一又窄又浅的土耳其海峡相通，使得它们之间海水也难以大量交换。这样，黑海下层海水长期处于缺氧环境，上层海水中生物分泌的秽物和各种动植物死亡后沉到深处腐烂发臭，大量污泥浊水，使海水变黑了。
北冰洋深入俄罗斯北部的白海，则是因为它的纬度较高，终年寒冷，冰雪茫茫，加之有机物含量少，海水呈现出一片白色，故名白海。