根据生理医学角度看，下午3点-5点钟跑步最适合。因为此时人体放松休闲，代谢旺盛，正是一天中最适合运动的时间。
同时，不管是中医还是西医理论均提出睡觉醒来后（早上醒来或者午睡醒来都一样），不要马上投入剧烈运动。因为睡觉中人体神经系统、循环系统、呼吸系统都处于低频的状态，睡醒后突然进入剧烈的高频状态，最难以承受的是心脏。而且早上起来往往没有吃饭，剧烈运动还会影响胃。因此中医提倡早期行静功，比如气功或者太极拳等。
这样综合生理医学的角度晚上跑步比早上好。
但是网上有些地方露水重，白天汽车粉尘、废气污染重，如果剧烈运动会受到污染。而早上运动后会使人一天血液中含氧量较高，神清气爽，精力充沛。
因此早上、下午、晚上跑步皆各有利弊。如何选择，需要楼主根据自己的目标进行取舍。
如果楼主只是一般健身,建议早上慢跑等运动。
如果楼主是为了减肥，建议楼主早上、晚上都跑，尤其晚上要跑，而且最好晚上不要吃太多主食，这样效果更好。
如果楼主是为了提高体育专项成绩，建议下午跑，而且要根据计划认真进行专业训练。
参考资料：个人经验
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