签三年合同违约金应当由双方协商进行认定，一般情况下不超过造成实际造成的30%。
只有在以下两种情形下，用人单位才能与劳动者约定由劳动者承担违约金：
1、用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的.
2、用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项，对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
只有违反竞业限制约定和劳动培训约定才需要支付违约金，其它支付违约金的约定无效。劳动者辞职需要提前一个月向用人单位提出申请，最好是书面形式，并做好交接工作。只要这样做了，即使单位不同意辞职，也不需要支付违约金。
《中华人民共和国劳动合同法》
第二十二条 用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。
劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
用人单位与劳动者约定服务期的，不影响按照正常的工资调整机制提高劳动者在服务期期间的劳动报酬。第八十三条 用人单位违反本法规定与劳动者约定试用期的，由劳动行政部门责令改正；违法约定的试用期已经履行的，由用人单位以劳动者试用期满月工资为标准，按已经履行的超过法定试用期的期间向劳动者支付赔偿金。