（1）调控好各工作室内的空气压力 一般来说，孵化场所有工作室的空气当中都不同程度地有一些污染物的存在，而通过调节各工作室不同的室压，可以使总的空气流向与蛋及雏鸡在孵化场的传送方向保持一致，从而有效地防止各工作室之间的交叉污染。
有些工作室（如蛋库）比较洁净，可用正压来排出这里的空气；而另一些工作室（如出雏室、洗涤室等）污染较重，可采用负压来防止此处的空气流入其他地方。其方法是通过启开气扇，使洁净室的进气量大于排气量（10%左右），保持正压，使污染室的进气量小于排气量（10%左右），维持负压，借以防止污浊空气流入较为洁净的地方。这要求门轻便耐用，门与门框之间应完全吻合，除人员进出开门外，其他时间关严。
（2）隔离孵化间与出雏室 虽然孵化过程是一个流水式的作业过程，但要求各个相衔接的工作间能相对地隔离开来，特别是孵化间与出雏间的隔离最重要。因为在整个出雏及初生雏管理过程中，出雏间以及与其相邻的鉴别室、待运间的空气中会漂浮大量绒毛，且大批雏鸡还要排出二氧化碳、粪便等多种代谢废物，使该区域污染严重。如果这里的空气逆流入孵化间，势必造成污染。
（3）孵化废弃物的处理与利用
①无精蛋的处理：无精蛋是孵化场的副产品，不能作为鲜蛋销售给人类直接食用，可以作为加工用蛋处理。
②死胚蛋及蛋壳的处理：死胚蛋不得作为人类食品加工用蛋。死胚蛋和蛋壳可以经适当处理后用于加工动物饲料。