饱和脂肪酸和反式脂肪酸的主要区别是，性质不同、来源不同、影响不同，具体如下：
一、性质不同
1、饱和脂肪酸
饱和脂肪酸，指不含不饱和双键的脂肪酸，是一类碳链中没有不饱和键的脂肪酸，是构成脂质的基本成分之一。
2、反式脂肪酸
反式脂肪酸，是含有反式非共轭双键结构不饱和脂肪酸的总称。脂肪酸分为饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸两种，其中不饱和脂肪酸是指脂肪酸链上至少含有一个碳碳双键的脂肪酸。如果与双键上 2 个碳原子结合的 2 个氢原子在碳链的同侧，空间构象呈弯曲状，则称为顺式不饱和脂肪酸，这也是自然界绝大多数不饱和脂肪酸的存在形式。
反之，如果与双键上 2 个碳原子结合的 2 个氢原子分别在碳链的两侧，空间构象呈线性，则称为反式不饱和脂肪酸。
二、来源不同
1、饱和脂肪酸
此类脂肪酸多含于牛、羊、猪等动物的脂肪中，有少数植物如椰子油、可可油、棕榈油等中也多含此类脂肪酸。
2、反式脂肪酸
①、氢化植物油、精炼植物油、反刍动物的脂肪组织及乳汁。
②、其他来源：日常生活的烹调过程中，尤其是油炸、煎烤时，植物油中的顺式脂肪酸高温受热后也可以部分转变为反式脂肪酸，但量很少。
三、影响不同
1、饱和脂肪酸
饱和脂肪酸是含饱和键的脂肪酸。膳食中饱和脂肪酸多存在于动物脂肪及乳脂中，这些食物也富含胆固醇。饱和脂肪酸摄入量过高是导致血胆固醇、三酰甘油、低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）升高的主要原因，继发引起动脉管腔狭窄，形成动脉粥样硬化，增加患冠心病的风险。
2、反式脂肪酸
①、形成血栓。反式脂肪酸会增加人体血液的黏稠度和凝聚力，容易导致血栓的形成，对于血管壁脆弱的老年人来说，危害尤为严重。
②、影响发育。怀孕期或哺乳期的妇女，过多摄入含有反式脂肪酸的食物会影响胎儿的健康。
③、影响生育。反式脂肪酸会减少男性荷尔蒙的分泌，对精子的活跃性产生负面影响，中断精子在身体内的反应过程。
④、降低记忆。研究认为，青壮年时期饮食习惯不好的人，老年时患阿尔兹海默症（老年痴呆症）的比例更大。
⑤、容易发胖。反式脂肪酸不容易被人体消化，容易在腹部积累，导致肥胖。喜欢吃薯条等零食的人应提高警惕，油炸食品中的反式脂肪酸会造成明显的脂肪堆积。
⑥、容易引发冠心病。根据法国国家健康与医学研究所的一项最新研究成果表明，反式脂肪酸能使有效防止心脏病及其他心血管疾病的胆固醇（HDL）的含量下降。
以上内容参考 百度百科-饱和脂肪酸、百度百科-反式脂肪酸