有赔偿。
用人单位在规章制度中约定的末位淘汰与《劳动合同法》冲突，所以说是末位淘汰的规定是违法的。故用人单位以末位淘汰为由解除双方劳动合同，是违法解除。
根据《劳动合同法》第八十七条 用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
第四十七条 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
扩展资
末位淘汰的适用
(1)企业制定末位淘汰规章制度，应当履行职工民主程序，即征求工会或者职工代表意见，或交职工代表大会审议通过。
(2)建立一套科学客观公正的绩效考核标准和程序。
(3)用薪酬管理的方式，通过薪酬体系设计配合末位淘汰制来激发员工的主观能动性和竞争意识。
(4)对于绩效确实不佳的员工，如果因为不适合所在工作岗位，可以采取调整工作岗位或者进行培训，经调整工作岗位或培训，仍不能胜任工作的，用人单位提前30天以书面形式通知劳动者解除劳动合同，并支付相应的经济补偿。
(5)在劳动者符合禁止解除劳动合同的法定情形时，用人单位不得以末位淘汰为由，解除劳动合同。
参考资料：百度百科-劳动合同法