国务院机构包括国务院组成部门、国务院直属机构、国务院直属特色机构、国务院办事机构、国务院直属事业单位、国务院部委管理的国家局和国务院议事协调机构，国家发展和改革委员会属于国务院组成部门，海关总署属于国务院直属机构。
中华人民共和国国务院，即中央人民政府，是最高国家权力机关的执行机关，是最高国家行政机关。国务院由总理、副总理、国务委员、各部部长、各委员会主任、审计长、秘书长组成。国务院实行总理负责制。各部、各委员会实行部长、主任负责制。
部门设置：2018年3月22日 《国务院关于机构设置的通知》规定部门设置如下:国务院设置办公厅、国务院组成部门（26个）、国务院直属特设机构（1个）、国务院直属机构（16个）、国务院办事机构（2个）、国务院直属事业单位（9个）、国务院部委管理的国家局（16个）。
中华人民共和国国务院办公厅：国务院办公厅是协助国务院领导同志处理国务院日常工作的机构， 是为协助国务院领导同志处理国务院日常工作的机构。
强化服务职责，加强应急、督查工作，进一步发挥参谋助手和运转枢纽作用。增加指导、监督全国政府信息公开工作的职责。
除了国务院办公厅外，国务院还有其他25个组成部门，包括中国人民银行、自然资源部、教育部、司法部、公安部、、人力资源和社会保障部、民政部、财政部、水利部、应急管理部、工业与信息化部、商务部、审计署、退役军人事务部、文化和旅游部、安全部、发改委等25个部委。
国务院直属特设机构：国务院国有资产监督管理委员会是根国务院直属正部级特设机构，代表国家履行出资人职责。根据党中央决定，国有资产监督管理委员会成立党委，履行党中央规定的职责。 国有资产监督管理委员会的监管范围是中央所属企业（不含金融类企业）的国有资产。
国务院直属机构：海关总署、体育总局、市场管理总局、国家国际发展合作署、国务院参事室、税务总局、国家广播电视总局、国家统计局、国家医疗保障局、国家机关事务管理局。国家市场监督管理总局对外保留国家认证认可监督管理委员会、国家标准化管理委员会牌子。
国务院直属事业单位：新华通讯社、中国社会科学院、国务院发展研究中心、中国气象局、中国证券监督管理委员会、中国科学院、中国工程院、中央广播电视总台、中国银行保险监督管理委员会，
国家行政学院与中央党校，一个机构两块牌子，作为党中央直属事业单位。
国务院部委管理的国家局：国家信访局（由国务院办公厅管理）、国家能源局（由国家发展和改革委员会管理）、国家烟草专卖局（由工业和信息化部管理）、中国民用航空局（由交通运输部管理）、国家文物局（由文化和旅游部管理）、国家煤矿安全监察局（由应急管理部管理）。
国务院议事协调机构：国务院议事协调机构是国务院行政机构根据职能划分的一个部门。承担跨国务院行政机构的重要业务工作的组织协调任务。