法律分析：参合农民可以到区级定点医院、乡镇卫生院、村卫生所看门诊，可以到乡镇卫生院、区级定点医院、区属以外医院住院治疗。参合农民持证到本乡镇卫生院、村卫生所门诊就诊时，卫生院医生、村卫生所乡医，经核证核人后，进行合理检查、诊断，进行门诊病人登记，开具处方并注明合作医疗证号(一式两份，一份取药，一份报销)，到药房划价(标明药品价格)，由医生或乡医认真填写合作医疗证和门诊补偿登记表(一式三份)，让患者或家属签名，直接减免费用(超出家庭账户总额部分由患者自付)，最后取药治疗。卫生院、村卫生所有月底填写好定点医疗机构门诊补偿汇总表和结算单后，将报销联处方按补偿登记表编号顺序装订成册到乡镇农医所申请报销所垫资金。参合农民持证到本乡镇以外的区内定点医疗机构门诊就诊时，定点医院机构医生核证核人后，进行合理检查、诊断，进行门诊病人登记，开具处方并注明合作医疗证号(一式两份，一份取药，一份报销)，到药房划价(标明药品价格)，患者交现金开具发票后取药治疗，然后由患者将报销联处方及医药发票到本乡镇农医所申请报销。参合农民持证到乡镇卫生院住院就诊时，医生核证核人后，进行合理检查、诊断，有入院指征者收入住院，医生及时书写完整病历，进行住院病人登记，开具处方并注明合作医疗证号(一式两份，一份取药，一份报销)，到药房划价，患者交现金后取药治疗。患者出院后，卫生院提供医药发票，出院小结(盖医院章)，各种检查单，处方复写件等由患者到本乡镇农医申请报销。参合农民持证到区级定点医院住院就诊时，区级定点医院医师应仔细核对合作医疗证，做到人证相符，然后进行合理核查，经诊断有入院指征者收入住院，及时书写完整病历，进行住院病人登记，开具处方并注明合作医疗证号(一式两份，一份取药，一份报销)，到药房划价(标明药品价格)，患者交现金后取药治疗。患者出院后，医院为患者提供医药发票，出院小结，各种检查单复写件，处方复写件等，由患者到合作医疗直报窗口直接申请报销。参合农民因病情需要转区属以外的医疗机构住院治疗的应坚持逐级转诊的原则，由区属医疗机构转诊证明，经区农医中心批准并发放就诊告之书(急诊可先转诊，但应在7天内向当地乡镇农医所报告)。因探亲、访友、外出打工时患病住院者在入院后7天内向户口所在乡镇农医所报告。农医所要及时答复，进行登记，并及时向区农医中心报告。出院后必须带好本人住院发票及住院相关资料，到本乡镇农医所按规定补偿。
法律依据：《关于建立新型农村合作医疗制度的意见》
第三条 筹资标准
新型农村合作医疗制度实行个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的筹资机制。
（一）农民个人每年的缴费标准不应低于10元，经济条件好的地区可相应提高缴费标准。乡镇企业职工（不含以农民家庭为单位参加新型农村合作医疗的人员）是否参加新型农村合作医疗由县级人民政府确定。
（二）有条件的乡村集体经济组织应对本地新型农村合作医疗制度给予适当扶持。扶持新型农村合作医疗的乡村集体经济组织类型、出资标准由县级人民政府确定，但集体出资部分不得向农民摊派。鼓励社会团体和个人资助新型农村合作医疗制度。
（三）地方财政每年对参加新型农村合作医疗农民的资助不低于人均10元，具体补助标准和分级负担比例由省级人民政府确定。经济较发达的东部地区，地方各级财政可适当增加投入。从2003年起，中央财政每年通过专项转移支付对中西部地区除市区以外的参加新型农村合作医疗的农民按人均10元安排补助资金。
第四条 资金管理
农村合作医疗基金是由农民自愿缴纳、集体扶持、政府资助的民办公助社会性资金，要按照以收定支、收支平衡和公开、公平、公正的原则进行管理，必须专款专用，专户储存，不得挤占挪用。
（一）农村合作医疗基金由农村合作医疗管理委员会及其经办机构进行管理。农村合作医疗经办机构应在经管理委员会认定的国有商业银行设立农村合作医疗基金专用账户，确保基金的安全和完整，并建立健全农村合作医疗基金管理的规章制度，按照规定合理筹集、及时审核支付农村合作医疗基金。
（二）农村合作医疗基金中农民个人缴费及乡村集体经济组织的扶持资金，原则上按年由农村合作医疗经办机构在乡（镇）设立的派出机构（人员）或委托有关机构收缴，存入农村合作医疗基金专用账户；地方财政支持资金，由地方各级财政部门根据参加新型农村合作医疗的实际人数，划拨到农村合作医疗基金专用账户；中央财政补助中西部地区新型农村合作医疗的专项资金，由财政部根据各地区参加新型农村合作医疗的实际人数和资金到位等情况核定，向省级财政划拨。中央和地方各级财政要确保补助资金及时、全额拨付到农村合作医疗基金专用账户，并通过新型农村合作医疗试点逐步完善补助资金的划拨办法，尽可能简化程序，易于操作。要结合财政国库管理制度改革和完善情况，逐步实现财政直接支付。关于新型农村合作医疗资金具体补助办法，由财政部商有关部门研究制定。
（三）农村合作医疗基金主要补助参加新型农村合作医疗农民的大额医疗费用或住院医疗费用。有条件的地方，可实行大额医疗费用补助与小额医疗费用补助结合的办法，既提高抗风险能力又兼顾农民受益面。对参加新型农村合作医疗的农民，年内没有动用农村合作医疗基金的，要安排进行一次常规性体检。各省、自治区、直辖市要制订农村合作医疗报销基本药物目录。各县（市）要根据筹资总额，结合当地实际，科学合理地确定农村合作医疗基金的支付范围、支付标准和额度，确定常规性体检的具体检查项目和方式，防止农村合作医疗基金超支或过多结余。
（四）加强对农村合作医疗基金的监管。农村合作医疗经办机构要定期向农村合作医疗管理委员会汇报农村合作医疗基金的收支、使用情况；要采取张榜公布等措施，定期向社会公布农村合作医疗基金的具体收支、使用情况，保证参加合作医疗农民的参与、知情和监督的权利。县级人民政府可根据本地实际，成立由相关政府部门和参加合作医疗的农民代表共同组成的农村合作医疗监督委员会，定期检查、监督农村合作医疗基金使用和管理情况。农村合作医疗管理委员会要定期向监督委员会和同级人民代表大会汇报工作，主动接受监督。审计部门要定期对农村合作医疗基金收支和管理情况进行审计。