工资拖欠三个月，员工可以先行与公司协商解决，协商不成或者达成和解协议后公司仍不履行的，员工还可以向调解组织申请调解。如果还不能解决问题的，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。最后，如果当事人对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。但是，值得注意的是，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定可知，受害人向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，员工应该自知道或者应当知道工资被拖欠之日起三年内起诉。
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。