区别：
一、意思不同：
1、署：办理公务的机关：专～。公～。官～。明·王鉴《仿巨然真迹图》：“董宗伯（董其昌）所藏巨然真迹，今归袁环中（袁枢）使君，昨在其署中出此相示。”
2、部：
（1）全体中的一份：～分（“分”读轻声）。外～。腹～。局～。全～。～件。～位（位置）。（2）机关企业按业务范围分设的单位：外交～。编辑～。～队（军队）。特指一个国家设在本国首都的中央政府（我国为国务院）旗下的分管某一方面工作任务的机关单位∶中华人民共和国外交～。
（3）具有统属关系：所～五十人。～下。～将。～属。～首。～落（luò）。
（4）安置安排：～署。
（5）量词：一～小说。三～汽车。
二、代指不同：
1、“署”的称谓主要是沿袭了传统习惯，有的署是国务院组成部门（如审计总署），有的则不是（如海关总署）。
2、部是国务院的组成部门，和委员会统称为部委，在加上审计署和中国人民银行，他们同属于一个级别。
三、组词用法不同
1、部：bù
组词：部队bùduì
(1)[(units of)the armed forces;army]∶军队。今称有番号的军队。
(2)[unit;troop]∶军队的一部分。
部分bùfen：[part;section;portion]∶整体中的局部；整体里的一些个体。
部件bùjiàn：[construction parts;element;part]机器的一个组成部分，由若干零件构成。
2、署：shǔ
组词：部署bùshǔ
(1)[disposition;deployment]∶处理；料理
(2)[arrange;lay out]∶安排
四、规格不同，级别不同：
“部”、“总局”、“总署”一般都是正部级(审计署也是正部级)，叫“局”只能是副部级。
五、区域名不同：为“中华人民共和国”的，大多都是国务院组成部门，如中华人民共和国教育部、文化部、公安部等。国务院组成部门中，只有中国人民银行例外，区域名是“中国”。除了央行和审计署之外，组成部门的格级名都是“部”、“委”。
“部”跟“署”是平级的，比如司法部跟审计署，司是他们的下一级。
1、部的例如：教育部、司法部等
如司法部里面下属既有司也有局：
监狱管理局、劳动教养管理局、社区矫正管理局、法制宣传司、律师公证工作指导司、法律援助工作司、基层工作指导司、国家司法考试司等。
2、署的例如：海关总署、新闻出版总署等
如海关总署里又含：监管司、政策法规司、综合统计司等
扩展资料：
部：
部队 bùduì
(1)[(units of) the armed forces;army]∶军队。今称有番号的军队。
(2)[unit;troop]∶军队的一部分。
部分 bùfen：[part;section;portion]∶整体中的局部；整体里的一些个体。
部件 bùjiàn：[construction parts;element;part] 机器的一个组成部分，由若干零件构成。
部类 bùlèi：[category] 范围较大的类。
部落 bùluò：[tribe] 由若干血缘相近的氏族组成的集体。
部首 bùshǒu：[radicals in Chinese characters] 中文字典中，各字依其字形结构，加以分部排列，每部的第一字便是部首，现也称所据分部的共同笔划为部首。
部署 bùshǔ
(1)[disposition;deployment]∶处理；料理
(2)[arrange;lay out]∶安排
署：
署印（代理官职）；署任（暂摄原任）；署缺（本官出缺，由他官暂代其职）；署事（官员任职，以一年为期的叫署事；代理管事）；署院（代理抚台）；署印老爷（代理官员）。
参考资料：百度百科-部
本回答被网友采纳还有就是有些单位负责领域不足以建部设委就用暑局来称呼，但所谓的国务院直属单位其实都是一个部门两块牌子，又都由部委代行职权。