法律分析：合同约定第三方付款属于合法行为。公司委托第三方收款即是通过代理人实施民事法律行为，除了法律规定或者双方约定的必须本人实施的民事法律行为，其他都可以别人代理。应要就交易对象与代付款的第三方共同出具书面说明，确认由第三方代为支付款项的事实。或者向交易对象、代付款的第三方发送确认函并要求回执。1、认可。甲方与丙方签订合同，约定由乙方代为付款。这种在民法上叫做第三人代位履行。
2、合同法第六十五条规定：“当事人约定由第三人向债权人履行债务的，第三人不履行债务或者履行债务不符合约定，债务人应当向债权人承担违约责任。” 由该条规定我们可以知道，所谓第三人代为履行，是指第三人依照合同当事人约定由其向债权人履行债务。第三人不履行债务或者履行债务不符合约定的，债务人应当向债权人承担违约责任。属于给第三人设定义务，除非第三人同意，否则是无效的。
2、根据你的描述，签订的是三方协议，则甲乙之间不必另外签订协议，只要凭三方协议可以向丙主张付款。第三人代位履行协议符合法律规定，税务并没有不认可的理由。
法律依据：《中华人民共和国民法典》 第一百四十三条 具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。