1、内阁
清代中央最高行政机构是内阁。清沿明制，顺治十五年（1658 年）农历七月，将原设之内三院改为内阁，为正二品衙门，设大学士为内阁长官，各兼尚书衔，并加殿阁衔。清代内阁在顺治康熙年间作为中枢机构，赞襄皇帝，掌理大政，是全国枢要总汇之所。
但自雍正中叶设军机处之后，大政归由军机大臣承旨，内阁逐渐不再参与机要，权任渐轻，遂成以处理本章为主的行政事务机构。
2、军机处
军机处指皇帝离京外出所在地方的军机大臣办事处所。清代军机处为中央枢要机构，为皇帝草拟谕旨、处理奏折、参决机务，故皇帝每日召见军机大臣无定时。
皇帝在京之日，无论住在宫内或住在西苑、圆明园等处，军机大臣等均须入值军机堂（西苑军机堂在西苑门内，圆明园军机堂在左如意门内），无散值之旨，均不得离开。
3、六部
清朝中央行政机构中吏、户、礼、兵、刑、工六部的总称。
清朝于入关前的天聪五年（1631年）仿照明制，设吏、户、礼、兵、刑、工六部，各部以贝勒一人总理，又置承政等官，分别管理国家各项行政事务。清入关统一全国之后，六部作为中央一级行政机构体制进一步得到加强和健全，直接对皇帝负责。
4、都察院
清代全国最高监察机关名为都察院。
都察院负责纠劾各级衙门、官吏之奸贪劣迹，条陈政治民生之得失利弊，参加九卿议奏事议，会同刑部、大理寺审办钦交大案及朝审、秋审，检查注销文书案卷和封驳事宜，以及稽察京师地方治安等事。
5、翰林院
翰林院掌管国史笔翰，备左右顾问。顺治元年（1644年） 置，为正三品衙门；顺治二年（1645年）并入内三院，升为从二品衙门；顺治十五年（1658年）再设，顺治十八年复裁并。康熙九年（1670年），改内三院为内阁，另设翰林院为独立机构，遂成定制。
翰林院内设掌院学士满、汉各一人，以下设侍读学士、侍讲学士、侍读、侍讲、修撰、编修、检讨。
翰林院属官有主事、典簿厅典簿、孔目、待诏厅待诏及笔帖式等。领庶常馆、起居注馆、国史馆。
参考资料来源：
内阁清代中央最高行政机构是内阁。清沿明制，顺治十五年（1658 年）农历七月，将原设之内三院改为内阁，为正二品衙门，设大学士为内阁长官，各兼尚书衔，并加殿阁衔。其时殿阁衔为四殿二阁，即中和殿、保和殿、文华殿、武英殿、文渊阁、东阁。
原内三院之一的内翰林院则分出另立， 不归内阁。雍正八年（1730年），定内阁为正一品衙门，雍正九年（1731年）增设协办大学士。乾隆十三年（1748年），定内阁设大学士满、汉各二人，协办大学士满汉各一人或各二人。
大学士均加殿阁衔， 成三殿三阁之制， 即保和殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士、体仁阁大学士、东阁大学士，惟保和殿大学士不常置。协办大学士不加殿阁衔。
内阁职掌为“掌议天下之政，宣布丝纶，厘治宪典，总钧衡之任，以赞上理庶务”，而票拟本章则是其经常性的任务。其内部机构有典籍厅、满本房、汉本房、蒙古房、满票签处、汉票签处、诰敕房、稽察房、收发红本处、批本处、副本库、饭银库等，各有所司。
扩展资料：
确立君权
努尔哈赤去世后，其第八子皇太极继承汗位。皇太极在位期间，积极仿效明朝政治制度，极力扩大后金国的封建统治基础，积极促进从奴隶制向封建制的过渡；一再打击八旗贵族分权势力，确立和巩固了王权。
天聪三年（1629年）农历四月，皇太极设立文馆，命儒臣记注满洲政事。
天聪五年（1631年）农历七月，仿明朝制度设立六部（吏、户、礼、兵、刑、工 [4] ），各部长官称尚书，副长官称侍郎，试图逐渐削弱满洲贵族权力。
天聪十年（1636年）农历三月，改文馆为内国史、内秘书、内弘文三院（简称内三院），各置大学生、承政、理事官等员。
当时虽然还保留着由诸贝勒兼领部务的规定，但各部之下设的承政、参政、启心郎等职官，却已经按照一定的比例，分别由满、汉、蒙的官员充任了。到崇德元年（公元1636 年）建立都察院的时候，就没有再沿用由贝勒兼管的办法。
都察院是管监察事务的，其监察的范围不但包括文武百宫，还包括"贝勒大臣骄肆慢上者"。明文规定并保障职司监察的部门和官员有权奏弹贝勒等高级贵族，这在满族政治史上是首见的。从各方面压抑和约束满洲权贵，因都察院的设置而进一步制度化了。
参考资料来源：百度百科-清朝政治制度
内阁
清代中央最高行政机构是内阁。清沿明制，顺治十五年（1658 年）农历七月，将原设之内三院改为内阁，为正二品衙门，设大学士为内阁长官，各兼尚书衔，并加殿阁衔。其时殿阁衔为四殿二阁，即中和殿、保和殿、文华殿、武英殿、文渊阁、东阁。原内三院之一的内翰林院则分出另立， 不归内阁。雍正八年（1730年），定内阁为正一品衙门，雍正九年（1731年）增设协办大学士。乾隆十三年（1748年），定内阁设大学士满、汉各二人，协办大学士满汉各一人或各二人。大学士均加殿阁衔， 成三殿三阁之制， 即保和殿大学士、文华殿大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士、体仁阁大学士、东阁大学士，惟保和殿大学士不常置。协办大学士不加殿阁衔。内阁职掌为“掌议天下之政，宣布丝纶，厘治宪典，总钧衡之任，以赞上理庶务”，而票拟本章则是其经常性的任务。
其内部机构有典籍厅、满本房、汉本房、蒙古房、满票签处、汉票签处、诰敕房、稽察房、收发红本处、批本处、副本库、饭银库等，各有所司。内阁的职官除大学士（正一品）、协办大学士（从一品）外，还有内阁学士，满六人、汉四人，从二品；侍读学士， 满四人、蒙古二人、汉二人， 从四品； 侍读， 满十人、蒙古二人、汉军二人、汉二人，正六品；委署侍读，无定员；典籍，满二人、汉军二人、汉二人， 正七品；中书，满九十人、蒙古十八人、汉军八人、汉三十人，从七品；贴写中书，满四十八人、蒙古六人等。另有撰文中书，无定员，由大学士从汉中书内派委。
清代内阁在顺治康熙年间作为中枢机构，赞襄皇帝，掌理大政，是全国枢要总汇之所。但自雍正中叶设军机处之后，大政归由军机大臣承旨，内阁逐渐不再参与机要，权任渐轻，遂成以处理本章为主的行政事务机构。光绪三十二年（1906年）， 改组内阁，设会议政务处， 以各部尚书为内阁政务大臣。宣统三年（1911年） 四月，改设责任内阁， 以军机大臣为内阁总理大臣及协理大臣， 并定内阁官属。至此军机处遂废，而内阁复成中枢机构。
军机处
军机处指皇帝离京外出所在地方的军机大臣办事处所。清代军机处为中央枢要机构，为皇帝草拟谕旨、处理奏折、参决机务，故皇帝每日召见军机大臣无定时。皇帝在京之日，无论住在宫内或住在西苑、圆明园等处，军机大臣等均须入值军机堂（西苑军机堂在西苑门内，圆明园军机堂在左如意门内），无散值之旨，均不得离开。皇帝离京外出，军机大臣及章京等也须随行，于皇帝驻跸之处，设值房入值，候旨处理机务，称为行在军机处。如皇帝谒陵、热河行围、至盛京或各省巡幸，凡有行宫之处，军机大臣等均于宫门值房入值，或设蒙古包入值；如在行营，则于白布城东门夹道内设蒙古包入值；其在看城等处，则皆于黄布城左右设帐房入值；遇谒慕陵、定陵，俱随入陵寝门。
六部
清朝中央行政机构中吏、户、礼、兵、刑、工六部的总称。
清朝于入关前的天聪五年（1631年）仿照明制，设吏、户、礼、兵、刑、工六部，各部以贝勒一人总理，又置承政等官，分别管理国家各项行政事务。清入关统一全国之后，六部作为中央一级行政机构体制进一步得到加强和健全，直接对皇帝负责。
其中吏部为六部之首，专掌文官的任免管理及考核奖惩；户部掌管户籍财经的政令；礼部掌管学校教育、科举考试及礼仪、祭祀等事务；兵部掌管武职官弁的任免、考核、奖惩以及有关兵籍、武器制造、马匹饲管、武科考试等事务，并兼管邮驿事宜；刑部掌管刑罚及监狱之政令，受理刑事案件，对死刑案件则会同三法司以定谳；工部掌天下造作之政令与其经费。
光绪三十二年（1906年），清廷实行官制改革，原有六部名称大都被废，国家行政机构权力职能被重新厘定和划分，遂有外务部、民政部、度支部、学部、陆军部、海军部、法部、农工商部、邮传部、理藩部以及军谘府、弼德院、资政院、盐政院、典礼院等新名称新机构的出现，六部掌管全国行政的制度至此而被改变。
都察院
清代全国最高监察机关名为都察院。
都察院负责纠劾各级衙门、官吏之奸贪劣迹，条陈政治民生之得失利弊，参加九卿议奏事议，会同刑部、大理寺审办钦交大案及朝审、秋审，检查注销文书案卷和封驳事宜，以及稽察京师地方治安等事。
清入关前即仿明制，于崇德元年（1636年）设都察院，置承政、参政等官，无定员。崇德三年（1639年）复定，设承政一员，左右参政各二员，理事官满、蒙、汉各二人， 启心郎满一人、汉军二人，额哲库二人。
顺治元年（1644年）， 改承政为左都御史、参政为左副都御史，无定员；设左佥都御史汉一人，右都御史、右副都御史、右佥都御史若干人，由督抚兼任，不设专员。
此后，职官设置及下属机构时有增裁变革，至乾隆十三年定制：额设左都御史满、汉各一人（从一品）掌院事，左副都御使满、汉各二人（正三品） 协理院事；下设经历厅（初名司务厅）、都事厅、值月处、督催所等办事机构，分别承办院属各项庶务。
其所属监察机构有：十五道、六科、宗室御史处、稽查内务府御史处、五城察院。其中的六科是清初仿明制，设吏、户、礼、兵、刑、工六科，掌勘察官府公事。初为独立机构，至雍正元年（1723年）始隶都察院。
光绪三十二年（1906年）改革官制， 都察院改设都御史一人、副都御史二人；改十五道为二十道，按省设置；裁撤六科，另铸给都察院给事中印，设给事中二十人；撤销宗室御史处、稽察内务府御史处及五城察院；增设研究所，有提调、编译各二人，购储书籍报纸，以供给事中、御史各员参考研究。
翰林院
翰林院掌管国史笔翰，备左右顾问。顺治元年（1644年） 置，为正三品衙门；顺治二年（1645年）并入内三院，升为从二品衙门；顺治十五年（1658年）再设，顺治十八年复裁并。康熙九年（1670年），改内三院为内阁，另设翰林院为独立机构，遂成定制。
翰林院内设掌院学士满、汉各一人，以下设侍读学士、侍讲学士、侍读、侍讲、修撰、编修、检讨。
翰林院属官有主事、典簿厅典簿、孔目、待诏厅待诏及笔帖式等。领庶常馆、起居注馆、国史馆。
翰林官员由进士选拔者，教习三年，又行考试，挑选优秀的留于衙门。
职责是在侍从禁廷，进值讲筵，记注起居，撰拟册诰等文，纂修书史等事，并有教习庶吉士，充乡会试考官、各省学政及入值南书房、上书房等项差使。
理藩院
清代有一个掌管少数民族及外交事务的机构，称为理藩院，与六部同级，它与都察院、翰林院及六部合称“在京部院”。
崇德元年（1636年），皇太极创立了主管少数民族事务的专门机构——“蒙古衙门”。崇德三年（1638年）农历六月，改蒙古衙门为理藩院。
理藩院的职官，初设承政1人，左右参政各1人，副理事官8人，启心郎1人。顺治元年（1644年）改承政为尚书，参政为侍郎，副理事官为员外郎，并增加了员外郎和启心郎的名额，添设了堂主事、司务、副使、笔帖式等官。顺治十六年（1659年），理藩院尚书、侍郎兼任礼部官衔，定为“礼部尚书衔掌理藩院事”，“礼部侍郎衔协理理藩院事”。
顺治十八年（1661年），顺治皇帝认为理藩院管外藩事务，责任重大，附属于礼部不合适，便下谕此后理藩院不必兼礼部头衔，于是又改称理藩院尚书、理藩院侍郎。并规定理藩院“官制体统”与六部相同。理藩院尚书可参预议政之事。
理藩院共有旗籍、王会、典属、柔远、徕远、理刑六司，以及满档房、汉档房、蒙古房、司务厅、当月处、督催所、银库、饭银处、俸档房等机构。此外，理藩院还有附属的内馆、外馆、俄罗斯馆及蒙古官学、唐古特学、托忒学等单位。
理藩院的职官有：尚书1人（满员，从一品），左、右侍郎各1人（满员，从二品），额外蒙古侍郎1人，以蒙古贝勒、贝子之贤能者任之（二品）。郎中12人（宗室1人、满3人、蒙8人，均正五品），员外郎36人（宗室1人，满10人、蒙25人，从五品），堂主事6人（满2人、蒙3人，汉1人），校正汉文官汉2人，司务2人（满、蒙各1人），各司主事10人（满2人，蒙8人），银库司官、司库、司使5人（均为满员），笔帖式95人（满34人，蒙55人，汉6人）。共设官172人。此外还额设吏役147人。
理藩院总的职掌如下：
第一、掌蒙、回诸藩部王公、土司等官员的封袭、年班、进贡、随围、宴赏、给俸等事，并派遣该院司员、笔帖式等到少数民族聚居地区管事，定期更换；
第二、办理满、蒙联姻事务。凡遇皇帝下嫁公主等事，由宗人府会同理藩院办理；
第三、管理喇叭事务，保护黄教（黄教为佛教的一派，是明永乐年间唐古特僧人宗喀巴所创）；
第四、管理蒙古各旗会盟、划界、驿道及商业贸易事；
第五、修订惩治少数民族的法律，参加审理刑名案件。理藩院驻各处司员，参加对该地区民族案件的判决。凡判遣罪以上者，均报理藩院会同刑部或三法司审定执行；
第六、掌管部分外交、通商事务。咸丰十年（1860年），成立总理各国事务衙门，理藩院则不再担负外事工作。
光绪三十二年（1906年），清政府宣布预备立宪，开始官制改革，理藩院更名理藩部，但司属机构仍沿袭旧制，只是把汉档房、俸档房、督催所等并入满档房，改名领办处，将原来蒙古官学扩充为藩言馆。
光绪三十三年（1907年），奏定理藩部官制，新设调查、编纂两局，附属领办处，后改归宪政筹备处。
宣统三年（1911年），理藩部尚书改名大臣，侍郎改名副大臣。辛亥革命爆发后，清朝覆灭，理藩部机构也随之瓦解。
外务部
外务部是清末负责外交事务的最高机构。光绪二十七年（1901年） 六月初九日，在总理各国事务衙门的基础上，改置为外务部，从而在原有六部一院之外，又新添了一个部级机构，并且位列六部一院之前，由亲王领部务，称总理王大臣，尚书仅等于会办大臣。
其职官初设总理王大臣、会办大臣各一人，设尚书兼会办大臣一人，左、右侍郎各一人，均由皇帝特简；原总理衙门总办章京改为丞参厅左、右丞（三品） 及左、右参议（正四品）各一人；设郎中衔参事四人。丞掌机密文移，综领众务；参议掌审议法令，参事佐之。
外务部下设和会司、考工司、榷算司、庶务司、司务厅、清档房、电报处、银库等机构，职掌与总理衙门时同。另设丞参厅，其下设俄、德、法、英、日本五处，后改为股，不久俄德合为一股，光绪三十二年将五股合为翻译处，专管翻译东西洋各国文件并负责口译之事。
翻译处之翻译分头、二、三等及翻译学生。
光绪三十三年（1907年）九月设统计处，专门统计各省外事数字，如各国驻各埠领事、商人、聘用洋员、各省教堂、教士、洋商数目。统计处设提调、帮提调各一人，办事员二人。
宣统元年（1909年） 二月丞参厅下增设秘书股，专司收发机要文件、拟稿及编辑业务，八月又设机要股，专司收集机密消息及发布新闻，至此丞参厅下有六股。
宣统三年（1911年）四月成立责任内阁时，改革外务部官制：裁总理王大臣和会办大臣，改尚书为外务大臣，一人；改左、右侍郎为副大臣，一人；增设丞参上行走、丞参上学习行走、参议上行走各官。外务大臣掌主交涉、昭布信德，保护侨人佣客，以慎邦交，副大臣佐助之。 通政使司
简称“通政司”，明清时期负责接收并递进本章、沟通上下讯息的衙门。相当于秦汉之公车司马令，隋之谒者台大夫，唐之四方馆及宋之通进银台司、提辖诸道进奏院、判登闻鼓院、检院等。明置通政使司，职掌呈转及封驳内外章奏并引见臣民之言事者等。其对内外章奏、四方陈情或控告不法等，均可先拆封启阅然后奏闻。清沿明制，仍设通政使司，但其事权视明代大为缩减，仅为掌受各省题本，校阅后转送内阁，对其中违式本章，予以奏劾，而对清代最重要之官文书奏折则无权接收。其主官通政使，可以参预朝廷洪疑大狱之讨论并兼领登闻鼓厅，列为中央九卿之一。其职官除通政使之外，有佐辅官副使、参议满汉各一人，属官有经历、知事、笔帖式等。因明清通政使司与宋代通进银台司之职掌类似， 故有“银台”之别称。
内务府
内务府是清代管理宫廷事务和上三旗包衣政令的机构，全名“总管内务府”。顺治初年设立，统领镶黄、正黄两旗包衣， 管理皇室家务，并随侍宿卫。顺治八年（1651年） 摄政王多尔衮死后被罪，正白旗收归皇帝自将，正白旗包衣遂由王府家奴转入皇室，归内务府统辖，成为上三旗包衣之制。
顺治十年（1653年）六月，裁内务府，改设十三衙门管理宫廷事务， 以宦官与包衣近臣兼用。
顺治驾崩后，复裁十三衙门，仍设内务府，遂成定制。凡宫廷内部的人事、仓储、财务、典礼、祭祀、警卫、刑狱、工程、制造、农林、畜牧、渔猎及饮食起居等日常生活事务，及上三旗包衣的全部军政事务，统由内务府管理。
内务府设总管大臣，无定员，总领府事；堂郎中一人，堂主事、委署主事各二人，以及笔帖式等职，掌管府属文职铨选、稽察督催七司等处所承办的各项事件，以及办理文移档案等事务。
内务府下设广储、都虞、掌仪、会计、营造、庆丰、慎刑七司及上驷、武备、奉宸三院，分掌各项具体事务。并置敬事房，专管太监事宜； 三旗参领处， 管理三旗包衣事务；三旗包衣骁骑营、护军营、前锋营，分司宫内值宿守卫及导引扈从等事。此外，还设有御茶膳房、官房租库、养心殿造办处、三旗庄头处、三织造处、张家口外群牧处、打牲乌拉处以及行宫、园囿等四十几个下属机构，职官三千余人，活动范围遍及京畿、直隶、奉天、吉林、口外蒙古地区及浙江、江苏一带，所管事务也不仅是皇帝家事和宫禁事务，对国家庶政亦有所涉及。
宣统三年（1911年） 清帝溥仪逊位后， 根据中华民国临时政府与清廷签订的《优待皇室条件》，溥仪仍居紫禁城内，内务府继续保留至1924年溥仪被冯玉祥等驱逐出宫为止。
国子监
国子监也称“国学”、“太学”，是掌管国学政令的机关。清初沿袭明制，国子监有二，在北京者称为北监，在南京者称为南监。
顺治七年（1650年），改南京国子监为江宁府学，只留北京国子监。清国子监最初隶属礼部，后由本监自行办理。
雍正五年（1727年） 始特简大臣总理监事，掌国学之政令，对入监学习的贡生、监生及八旗官学生，进行教育考核。
国子监设祭酒满、汉各一人，司业满、汉、蒙各一人，以掌监事。监内设有绳愆、博士、典簿、典籍等厅， 以分理各项事务。设率性、修道、诚心、正义、崇志、广业六堂，为讲习之所。
光绪三十二年（1906年） 学部设立后， 国子监并入学部。
光禄寺
清沿明制，于顺治元年（1644年） 设立光禄寺，最初隶属礼部，顺治十五年（1658年）独立，顺治十八年（1661年）复隶礼部，康熙十年（1671年） 再由礼部分出。
光禄寺设满、汉寺卿各一人，秩从三品；少卿满一人、汉二人，康熙三十八年裁汉缺一人，秩正五品。乾隆十三年（1748年） 特简大臣总理寺事。内设典簿厅，大官、珍馐、良酝、掌醢四署及当月处、银库、黄册房等机构。光禄寺职掌朝廷庆典祭祀而预备筵宴及供给官员、贡使食物等事。
光绪三十二年（1906年）官制改革，光禄寺又并归礼部。
太仆寺
清朝于顺治元年（1644年） 设立太仆寺，附于兵部武库司，掌管储直隶、山东、河南、江南额征马价银两，岁终考核奏销，并预备巡幸沿途需用马驼等事。
康熙七年（1668年），将直省额征马价银归并户部考核奏销；康熙九年（1670年），以兵部大库口外种马二厂归太仆寺管理。
雍正三年（1725年）， 另建衙署，太仆寺始为独立机构。
嘉庆六年（1801年），复将巡幸牵驼驮载等事拨归护军统领衙门经理，从此太仆寺专司两翼马厂事务。设卿，满、汉各一人，领寺事； 少卿， 满、汉各一人，佐之。
乾隆四十四年（1779年）， 增设兼管大臣一人统掌寺务， 嘉庆十三年（1808年）复停。
太仆寺所属初设员外郎、主簿等官分办事务，但未分定职掌，等到乾隆六年（1741年）始建左司、右司及主簿厅等内部机构，分掌寺属各项事务。所辖边外内蒙古地方之左右两翼马厂，设统辖总管一人、总管二人（左右翼各一人）以及翼长、协领、副协领、牧长、牧副、牧丁等管理牧放等事；设副管、防御、骁骑校、护军校、护军等分掌侦捕事务。
光绪二十四年（1898年），太仆寺 曾一度并入兵部，旋复独立。
光绪三十二年（1906年）九月，兵部改为陆军部，太仆寺所掌两翼马厂诸事务亦划归陆军部管理，于是裁掉太仆寺。
詹事府
顺治元年（1644年） 沿明制设立詹事府，不久裁掉，并于内三院；顺治二年（1645年）复置詹事府；顺治十五年（1658年）又裁。康熙十四年（1675年），复设詹事府。
詹事府职掌初沿前代，辅助东宫太子，康熙以后不明立太子，于是詹事府成为专为翰林官迁转之地，职同翰林，于禁廷侍班会议，纂修实录、圣训及充任殿试考官等。詹事府设詹事、少詹事，俱满、汉各一人，掌理府事。下设左、右庶子，左、右中允，左、右赞善，洗马，主簿，均满、汉各一人。汉员分别兼翰林院侍读学士、侍讲学士、侍读、侍讲、修撰、编修、检讨衔。
詹事府内部机构有左、右春坊，司经局及主簿厅。
光绪二十八年（1902年）裁掉詹事府，并入翰林院。
清朝设六部（吏、户、礼、兵、刑、工），各部长官称尚书，副长官称侍郎，以前尚书均由满人担任，顺治元年（公元1644年）规定尚书及侍郎满、汉各一。在六部之外和六部并立的中央行政机构有：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、国子监、钦天监、翰林院、太医院、理藩院、宗人府、詹事府、内务府、都察院。清朝官员等级分“九品十八级”，每等有正从之别，不在十八级以内的叫做未入流，在级别上附于从九品。
顺治七年（公元1650年），顺治皇帝对八旗制度进行改革，由自己亲自掌握正黄、镶黄、正白三旗，形成了“上三旗”和“下五旗”，改变了以前八旗由不同王公掌握的局面，同时加强上三旗的实力，满洲议政王大臣会议的权力有所削弱。
康熙十六年（公元1677年）康熙皇帝设立南书房，起初是康熙帝为了与翰林院词臣们研讨学问，吟诗作画而设。因在乾清宫西南角特辟房舍故名南书房。由于南书房“非崇班贵檩、上所亲信者不得入”，所以它完全是由皇帝严密控制的一个核心机要机构，随时承旨出诏行令，这使南书房“权势日崇”。南书房地位的提高，是康熙帝削弱议政王大臣会议权力，同时将外朝内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权的重要步骤。
雍正七年（公元1729年），清军在西北与准噶尔蒙古激战，为及时处理军报雍正皇帝始设军机房，雍正十年改称军机处。乾隆皇帝即位后服孝，安排数位“总理事务王大臣”进入军机处，故改名总理事务处。乾隆二年（公元1737年）乾隆服满亲政，总理事务王大臣等自请罢职，恢复军机处名称，自此遂成定制，军机处成为直接对皇帝负责的核心权力机构，满洲议政王大臣会议的地位更被削弱至几乎可忽略不计，政治权力全部掌握在皇帝手中，成为清代中央集权制度的顶峰。直至宣统三年（公元1911年）四月初十清廷宣布成立“责任内阁”，军机处废止。