首先，生态系统中能量的多级利用和物质循环再生。食物链是生态系统能量流动和物质循环的主渠道。它既是一条能量转换链，也是一条物质传递链，还是一条增值链。其次，农业生态系统的各种生物之间遵循相互依存、相互制约的原理。在农业生态系统中，人们利用生物种群之间的关系，对生物种群进行人为调节，增加有害生物的天敌种群，可以减轻有害生物的危害。如放养赤眼蜂防治稻纵卷叶螟，防止农药的污染。
生态农业的设计和布局主要从平面、垂直、时间、食物链等方面着手。平面设计是在一定区域内，确定各种作物的种类和各种农业产业所占的比例及分布区域，即农业区划或农业规划布局。垂直设计是运用生态学的原理，将各种不同的种群组合在合理的复合生产系统，达到最充分、最合理地利用环境资源的目的。垂直结构包括地上和地下两部分。地上部分包括不同作物在不同层次空间上的茎、叶的合理配置，以便最大限度地利用光、热、水、气等自然资源。地下部分是复合作物的根系在不同土层中的分布，以便更好地利用土壤中的水分和矿质元素。时间上的设计是根据各种农业资源的时间节律，设计出有效利用农业资源的生产格局。主要包括各种作物种群的嵌合设计，如套种、复种、育苗移栽、改变作物生长期的调控设计。食物链的设计是根据生态学的原理和当地的实际情况科学地设计农业生态系统内的食物链结构，实现对物质和能量的多级利用，提高整体经济效益。其重点是在原有的食物链中引入或增加新的环节。例如，引进天敌动物以控制有害昆虫的数量，增加新的生产环节将人们不能直接利用的有机物转化为可以直接利用的农副业产品等。
处于食物链中第一营养级的生物减少而导致的其他物种变动：在某食物链中，若处于第一营养级的生物减少，则该食物链中的其他生物都减少。这是因为第一营养级是其他各种生物赖以生存的直接或间接的食物来源，这一营养级生物的减少必会引起连锁反应，致使以下营养级依次减少。
“天敌”一方减少，对被食者数量变动的影响：若一条食物链中处于“天敌”地位的生物数量减少，则被食者数量因此而迅速增加。但这种增加并不是无限的，而是随着数量的增加，种群密度加大，种内斗争势必加剧，再加上没有了天敌的“压力”，被捕食者自身素质（如奔跑速度、警惕性、灵敏性等）必会下降，导致流行病蔓延，老弱病残者增多，最终造成密度减小，直至相对稳定，即天敌减少，造成被食方先增加后减少，最后趋向稳定。
若处于“中间”营养级的生物减少，另一种生物的变化情况应视具体食物链确定。研究时，按照从高营养级到低营养级的方向和顺序考虑。