药品的三个性质为安全、有效和质量可控。杂质的研究应从对药品安全性和质量可控性两个方面的影响来考虑。化学试剂作为广义概念上的杂质的一部分，也需要评估其残留对药品安全性和质量可控性的影响，其残留限度的制定也是如此。如某化学试剂有基因警示结构，其限度应根据相应指导原则（《ICHM7》）制定。如为无机盐，应根据无机盐的控制策略及相应指导原则制定，在API成品检测炽灼残渣，研究元素杂质（《ICHQ3D》）等。某些有机试剂如残留溶剂中的四类溶剂的限度则应该先查找相应的安全性的数据，如动物毒理研究数据、职业环境暴露量研究数据等，然后根据安全性的数据计算相应的残留限度。
通过PDE计算限度：
ICHQ3C中收载了PDE的计算方法：
PDE = NOEL x Mass Adjustment/[F1 x F2 x F3 x F4 x F5]
其中PDE为允许日暴露量，单位为mg/天；NOEL为该杂质的最大无作用的剂量，单位为mg/kg/天。
Mass Adjustment为体重调整系数，一般取为50kg。F1…..F5为各种修正因子，其含义与应取的值请查阅ICHQ3C相应内容，不再细述。
通过以上公式得出PDE的值之后，然后除以药品的最大日剂量，即得出该化学试剂的限度。
从LD50计算NOEL
很多时候我们查找不到NOEL的数据，我们只能查到LD50（半数致死量）。目前最权威的计算方法出自欧盟原料药委员会在其发布的《原料药工厂中清洁验证指南》，其中收载了由LD50计算NOEL的公式：NOEL=LD50×70/2000。但这一公式却会误导PDE的计算，因为很多人会用这一公式计算出来的NOEL直接代入上文的公式计算PDE，却没有注意到《原料药工厂中清洁验证指南》一文中的NOEL 的单位是mg/天，而不是上文公式中的mg/kg/天。原因就是公式中的70是欧洲人的评价体重。所以如果需要用LD50计算NOEL用于计算PDE，则不应该乘以70，公式应该是NOEL=LD50/2000，2000是经验常数。该公式可参见文献《Layton D W，Mallon B J，Rosenblatt DH，et ．Deriving allowable daily intakes for systemic toxicants lackingchronic toxicity data[J]．Reg02To'xicol Pharm，1983，3(1)：224．》，