第一，
盈利能力不能支撑企业发展需求。
城市公共交通企业所处行业属于人力密集、重资产运营、
利润率偏低的公共产品行业，整个行业普遍面临一个难题：在盈利能力偏弱的情况下，如何满足城市建设和市民出行需求快速发展的需要？从全国的情况看，各地城市公共交通普遍存在票价水平与定价成本背离的现象，因此各地城市公共交通企业即使有政府给与的补贴，仍然盈利能力偏弱，无法与快速扩张的城市领域带来的居民出行需求增长匹配。而且政府补贴由于各地政府财政实力的差异，金额及给付时限也存在较大差异。如何聚焦于帮助企业提升
人效，聚焦于帮助企业提升盈利能力，在建立合理
绩效考核机制前提下，针对人效提升及盈利提升做出具有城市公共交通企业特点的方案，是“新三改”面临的核心命题。
第二，人才不足与企业发展需求存在矛盾。遍览全国城市公共交通企业，为了解决准公共产品行业的天然短板，大多采用了两种方案：第一种，在主业基础上充分利用资源，开展盈利能力强的业务，以反哺主业，例如广告、订制线路、旅游服务等等；第二种，结合城市扩张带来的公共交通服务能力提升的机会，以建设带动运营。但不论是哪一种，其背后都需要大量具有创新能力、市场意识的人才作为支撑。因此，城市公共交通企业的成长、发展和改革都需要引进、保留和激励高素质人才做支撑，但行业对人才的吸引力偏弱。如何做好对人才尤其是核心的经营管理人才的引进、使用、激励是城市公共交通企业人力资源管理的核心课题。
第三，庞大的员工队伍，既是宝贵的生产力，也是沉重的成本负担。由于城市公共交通行业人力密集的属性，各地城市公共交通企业均有庞大的员工队伍，既是宝贵的生产力，也是沉重的成本负担。加上历史原因积累及近年来信息技术、支付技术发展替代的人力积累，各地城市公共交通企业均面临管辅人员冗余问题，加上城市公共交通企业普遍缺少内部和外部分流的出口，不仅影响效率，而且也是庞大的
人工成本支付。这也是城市共同交通企业本轮“新三改”需要破解的难题之一。