夸美纽斯积极拥护学校教育，肯定学校教育的必要性和优越性，但他对当时学校在结构、管理、教学等方面普遍存在的不合理、效率差等弊病提出严厉批评。为改革旧学校，他提出较为系统的构想。
夸美纽斯提出一个系统的学校制度，从出生至24岁，分为婴儿期、儿童期、少年期和青年期4个阶段，各为6年。与这个分期相对应的是4级学制：母育学校、国语学校、拉丁语学校和大学。
母育学校即家庭，母亲是儿童的第一位教师。教育的主要任务是为儿童奠定体力、智慧和道德发展的基础。教育的内容和方法主要有童话、韵语、音乐、游戏等，要求儿童通过适合他们兴趣和能力的活动接受启蒙教育。
国语学校即初等教育阶段。夸美纽斯要求在城乡普遍设立国语学校，在平等原则下招收所有的儿童。在校内实行混合编班，以革除门第森严、教派分明、男女有别的旧传统。教育的目的是把对终生有用的事物教给儿童。教育的内容和方法主要有阅读、书写、图画、唱歌、计数以及记忆各种事物等，要求儿童训练感官、想像力、记忆力等。
国语学校毕业后，儿童进入设在每个城市的拉丁语学校。这类学校的课程分六个班级，即文法班、自然哲学班、数学班、伦理学班、辩论术班、修辞学班。教育的主要任务是对那些志向超出工场以上的学生给予一种百科全书式的知识，为今后接受高深教育作预备。
拉丁语学校之上的高一级教育机构是大学，每个王国或省级行政单位可以设立1所。只有极少数才智过人且具有良好德性的青年才可以进一步深造。大学主要培养牧师、律师、医生、教师以及国家领导人。夸美纽斯建议以广泛的长途旅行来结束大学生涯。