原始地质资料是对地质找矿工作比较全面的历史记录，地质科技工作各个工序和环节紧密相扣，地质资料整理工作是在建立资料信息秩序时，我们必须维护它们之间的固有的、有机的技术环节上的联系，必须体现出它们之间有机联系的系统性状态。
系统性原则要求经过后期整理的资料，能真实地反映出地质资料产生、处理、解释并发挥出作用、体现出价值的实现过程、呈现出状态的规律性。最大限度地尊重和保持地质科技文件“件们”和“卷们”之间的有机联系，使这些联系反映实体资料秩序状态，体现地质资料的本质特征，体现并实现原始的价值与作用。
这种有机联系，一般体现在地质原本资料产生的来源、内容、时间、形式等几个方面。
来源是指出自于同一地质矿产勘探与开发工程、同一地质研究课题、反映同一地质项目的不同勘探手段达到一致的勘探目的：证实某一地质认识、有无目标矿产、矿产储量的计算数值等。
内容是指地质资料所载信息涉及的问题或事务，具有不可分割的联系。如一口钻井的测井资料，有标准测井图，有综合测井图，VIP测井图和测井解释报告，内容上有互相补充、互相验证的联系。
时间即地质资料形成的时间链。地质工程实践活动在时间上是承上启下的，不可颠倒的。
形式是地质资料表现形式或表达方式，在文种和载体材料及记录方式上的联系，如工程作业中的“请示与批复”，二维物探数据的“处理与解释”，它们之间反映特定的工作关联，既有不同的功能和作用，又能反映特定的工序环节。
地质资料不同于其他档案，在整理工作中对其有机联系的要求又不尽相同。档案具有唯一性，而地质资料有原始地质资料，也同时更多存在着复制的成果地质资料，还有特殊的、量很多的实物资料，需要据实处置，分别归档。如一口钻井的地质资料，既有原始地质资料，也有成果地质资料，还有实物资料，不必也不可能归在同一案卷。成果地质资料完全是为了众多用户利用而复制或印刷的，与原始地质资料设有互见号；实物资料和磁性载体资料，虽然与纸质资料联系紧密，却因为保存条件不同等原因，不能与其紧密放置。如岩心、岩屑和标本，一般都专门立账并设有专门的岩心库保管，地震测井数据磁带不在纸质资料库保存，而是在防磁的“磁带库”保管。保持不同载体资料之间的联系，通过“互见号”和数据库系统的电子、数据应用平台链接与牵出。