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基因组没有注释的原因是什么
转录组的序列在
基因组
找不到?
答:
这种情况可能是由于以下原因导致的:1)基因组不完整或不准确
;2)转录组序列来自于未知的基因组区域;3)转录组序列来自于基因组中未被注释的区域。解决方法包括:1)使用更完整、更准确的基因组序列;2)使用其他方法(如比对到相关物种的基因组)来确定转录组序列的来源;3)进行更深入的转录组分析以...
发表
基因组
论文时,需要提交
基因的注释
吗
答:
因为你是
基因组
论文 肯定需要提交
基因的注释
这样显得论文更有说服力
基因组注释
分析主要包括哪些内容
答:
基因组注释
包括以下方面的内容:(1) 重复序列的预测。通过比对已知的重复序列数据库,找出序列中包含的重复序列,识别类型并转化为N或者X,统计各种类型重复序列的分布。(2) 编码基因的预测。通过将转录组或EST数据比对到拼接后的基因组序列上,找出编码基因位置,预测编码基因结构。或者通过专业的外显...
基因
表达谱分析方法
答:
5、 Tag 标签的
注释
(含 cDNA,预测基因, EST,线粒体
基因组
,基因组等)本案例中,人的 2 万 7 千个基因中有 50~60%都被 Tag所覆盖。即一般的基因的 表达量差异被检测出来。 为了提高 Tag同基因关联的可信度, 我们仅仅选取了在 基因序列中唯一定位的 Tag。这部分唯一定位的 Tag占全部 Tag...
基因组注释
文件(二)| gff 和 gtf文件格式说明
答:
在GFF文件的开头,可以有#开头的
注释
行,示例如下 对于不同的
基因组
特征,其属性不同。 染色体是基础,后续的基因,exon等都是需要定位在染色体上的。 假基因示例如下 tRNA基因示例如下 miRNA基因示例如下 一个miRNA基因的最终会形成两个成熟的miRNA。 lncRNA基因示例如下 需要注意是,由于可变剪切的存在,一个蛋白编码基因...
什么是基因注释
答:
转录组学,对测出来的序列进行分析,将基因及其功能加以挖掘、注释,这称作
基因注释
。快速有效的基因注释对进一步识别基因,研究
基因的
表达调控机制, 研究基因在生物体代谢途径中的地位,分析基因、基因产物之间 的相互作用关系,预测和发现蛋白质功能,揭示生命的起源和进 化等具有重要的意义。
快速计算
基因
表达软件:Salmon
答:
但最近在做小RNA分析时却遇到了
没有
参考
基因组注释
文件(gtf/gff文件)的情况,而注释文件的缺失则意味传统的转录组定量分析是无法进行的。那在缺少注释文件的情况下,该如何进行定量分析呢?在各种搜索后发现了一款无需mapping便可进行定量的软件—— Salmon 。Salmon软件于2017年发表在Nature Methods,...
怎样检查
基因组注释
结果的可靠性
答:
基因组注释
主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。1:重复序列的识别。重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列(Interpersed repeat)两大类。其中串联重复序列包括有微卫星序列,小卫星序列等等;...
关于人类参考
基因组
及
注释
文件,一篇就够了
答:
但对于只关注编码基因的分析,差异可能不大。考虑到偏好,后续分析我倾向于使用NCBI版本的文件。综上,选择合适的参考
基因组
和
注释
文件,对于后续的生信分析至关重要,尤其要注意不同来源文件的差异和适用范围。尽管过程可能繁琐,但这是确保数据准确性和分析可靠性的重要步骤。
参考
基因组注释
为
什么
会有mRNA
答:
这个很正常,因为一个
注释
文件包含了很多种类型的注释。以gff格式为例,第三列类型中包括“Gene” “cDNA” “mRNA” “exon”等。
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参考基因组没有注释的原因
基因注释啥意思
基因组注释的策略
简述基因注释的基本流程
ncbi基因组注释
基因注释包括哪些内容
基因的注释是什么意思
基因组的功能注释包括
基因的注释信息指的是