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简要介绍FASTA序列格式
fasta格式
的
介绍
答:
在生物信息学中,
FASTA格式
(又称为Pearson格式),是一种基于文本用于表示核苷酸
序列
或氨基酸序列的格式。在这种格式中碱基对或氨基酸用单个字母来编码,且允许在序列前添加序列名及注释。
fasta格式
的最常见的
FASTA格式
答:
EMBL和GenBank数据库的主要内容和
格式序列
名称、长度、日期序列说明、编号、版本号物种来源、学名、分类学位置相关文献作者、题目、刊物、日期序列特征表碱基组成序列(每行60个碱基)EMBL标识字 GenBank标识字 含义ID LOCUS 序列名称DE DEFINITION
序列简单
说明AC ACCESSION 唯一的序列编号SV VERSION 序列版本...
构建系统发育树的三大方法
答:
1. 准备序列文件 准备
fasta格式序列
文件(fasta格式:大于号>后紧跟序列名,换行后是序列。举例如下)。每条序列可以单独为一个文件,也可以把所有序列放在同一文件内。核酸序列:>sequence1_name CCTGGCTCAGGATGAACGCT 氨基酸序列:>sequence2_name MQSPINSFKKALAEGRTQIGF 2. 多序列比对 打开MEGA 5,...
如何构建系统发育树
答:
1. 准备序列文件 准备
fasta格式序列
文件(fasta格式:大于号>后紧跟序列名,换行后是序列。举例如下)。每条序列可以单独为一个文件,也可以把所有序列放在同一文件内。核酸序列:>sequence1_name CCTGGCTCAGGATGAACGCT 氨基酸序列:>sequence2_name MQSPINSFKKALAEGRTQIGF 2. 多序列比对 打开MEGA 5,...
为什么要 对
fasta
文件建立index
答:
fasta是常用的序列存储格式,软件对序列进行快速查找的时候通常需要建立索引文件,例如在GATK、IGV等软件中导入序列的时候都需要建立索引。
fasta格式
文件的一种索引为fai结尾的文件,可以使用samtools faidx命令创建,具体用法如下:用法:samtools faidx input.fa 该命令对输入的
fasta序列
有一定要求:对于每条序列...
GenBank EMBL优缺点
答:
GenBank数据库结构 完整的GenBank数据库包括
序列
文件,索引文件以及其它有关文件。索引文件是根据数据库中作者、参考文献等建立的,用于数据库查询。GenPept是由GenBank中的核酸序列翻译而得到的蛋白质序列数据库,其数据
格式
为
FastA
。GenBank中最常用的是序列文件。序列文件的基本单位是序列条目,包括核苷酸...
使用DNAMAN软件进行
序列
比对及导出
答:
其中多
序列
比对是基本的操作,下面是具体操作。1.打开DNAMAN,点击Sequence-Alignment-Multiple sequence alignment,进入比对页面;2.进入页面后,点击File,上传序列文件(
fasta格式
),选择序列类型,点击下一页;3.这一步默认即可;4.参数默认即可,点击完成,即可得到比对结果。5.得到结果如图。6.若需要...
QIIME基础应用(一)
答:
该步骤运行结果可得到一个.
fasta格式
文件,包含所有样品所有
序列
,其序列名基本格式为 二、OTU划分 可以利用上步得到的.fasta格式文件直接划分OTU,可使用pick_de_novo_otus.py命令:该命令为一workflow,具体包含以下7条命令:1、pick_otus.py 第一步为OTU划分,-m参数设置划分方法,默认采用uclust方法,...
一个
fasta格式序列
用python求GC含量
答:
如果用perl来编写统计
fasta序列
的长度脚本,很
简单
的几行代码就可以搞定,但是想了想,觉得用python写更时候处理大的文件,尤其是想用python实现多线程处理。因此,就有了用python来编写最初版的统计fasta序列长度的脚本的想法。运行方法:nohup python stat_length.py input.fasta > input.len & 运行结果...
perl编程处理DNA
序列
文件
fasta格式
,输出大于某数值bp的文件
答:
我大致给你说下,具体自己上bioperl网站看How To。现在假定你的序列都为
fasta格式
,先用 cat *.fasta > single_all_fasta.fasta 将所有
fasta序列
整合到一个fasta格式中。然后编写bioperl脚本(你要事先安装bioperl,在debian和ubuntu下很
简单
,自带源里就有,直接sudo apt-get install bioperl即可,很...
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