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简要介绍FASTA序列格式
求用perl或者python提取
fasta格式
中每个
序列
从一个位置到另一个位置...
答:
这个其实很
简单
,只是逻辑要通顺。我给你perl的解决思路:首先,你要确定你的
fasta
文件的内容的规律性。比如每段
序列
的开始是不是都会有一些特殊的标志。那么可以用next函数,将这些不是序列的内容跳过。然后开始读取每一行,将每一行的内容串联起来,直到读取到下一段序列开始的标记(该处使用if判断,如果...
为什么我使用Bioedit不能保存为
fasta格式
?
答:
fasta格式
其实你自己直接把
序列
复制出来保存即可,就是在txt文件里面,在前面加个>而已,就是fasta格式了,呵呵例如>bgl 其中bgl是我自己随便命名的,你也可以不要,也可以自己命名,呵呵个人见解,不知道能帮到你否,呵呵
fasta格式
转换
答:
把每个
fasta
的
序列
都拷贝到同一个文件里面 每一个序列的前面加">序列的名字,回车"举例:序列一:ATCGATCG 序列二:AAAAA 序列三:CCCCC 合并以后的 >no 1 ATCGATCG >no 2 AAAAA >no 3 CCCCC
...斑马鱼,线虫,酵母,果蝇)并将其转换为
FASTA格式
答:
这是生物信息学比对的问题,你上网到GENEBANK,然后把编号输入进行搜索,就像用百度一样,系统会为你搜索出这个编号对应的蛋白质的一系列信息,包括
序列
和文献等等,下面就自己开始探索吧,
FASTA格式
也是一种计算机排列氨基酸序列的格式,这个问题挺先进,我喜欢.当然看懂那个网页你英文也要不错才行.给你个网址http:...
三.
Fasta
文件处理常用命令
答:
$ awk 'NR==FNR{a[$0];next} /^>/{b=($1 in a)} b' list abc.fas >list.fas 4. 在
fasta格式
的氨基酸
序列
文件中,将序列中字符“.”去掉: $ more abc.fas|awk '{if(!/>/) gsub (/\./,"");print}' > abc.fasta 5. 去除空行,去除wei行...
pamlign工具的基本操作步骤
答:
例如,假设用户有一个包含多个蛋白质
序列
的
FASTA格式
文件,并且想要使用pamlign进行多序列比对。用户可以按照以下步骤进行操作:首先,准备好输入文件,确保序列以FASTA格式正确排列。然后,在命令行中输入pamlign命令,指定输入文件和输出文件的路径,并根据需要设置比对参数。最后,等待pamlign程序运行完成,打开...
如何用命令对
fasta格式
的
序列
按长短排序
答:
然后你就可以排序.最后将它还原为原来的
格式
以下是使用ruby的实现 file = File.open "
fasta
"list = []loop do key = file.gets value = file.gets break if value == nil line = value.size.to_s << "#" << key << "#" << value 这里你自己没说清楚,到底
序列
是指 >xxxxxx yyyy...
如何构建本地的blast数据库?
答:
假设有一
序列
数据(sequence.fa,多序列,
fasta格式
),欲自己做成Blast数据库,典型的命令如下:核酸序列:$ ./formatdb –i sequence.fa –p F –o T/F蛋白序列:$ ./formatdb –i sequence.fa –p T –o T/F执行blast:获得了单机版的Blast程序,解压开以后,如果有了相应的数据库(db),...
2019-03-01
序列
下载及合并,多序列比对,进化树
答:
参考学习网址: https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/78506951 OR 对齐完之后,选择两端不齐的部分,右键delete即可。导出
fasta格式
和MEGA格式两种格式 打开Clustalx 加载刚刚比对完的fasta格式(注意是比对完的,文件后缀名为.fas)导出可视化文件,参数默认点OK !得到可视化的多
序列
比对结果...
想请教我应该以什么方式将我要比对的
序列
导入MEGA 4
答:
把要比对的
序列
做成
fasta格式
的纯文本文件,扩展名可以是.fas也可以是.fasta。文件内部格式是:>seq1 atgacgcgtg...>seq2 atgcgctgctctgc...>seq3 ...所有序列排列下来就可以。安装了mega4之后,可以直接双击打开.fas文件的。
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