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简要介绍FASTA序列格式
序列
比对
答:
理解比对
序列
相似性的关键在于高比值片段对(High-scoring segment pairs, HSPs)。在线BLAST,通过https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi,你可以直接上传
Fasta格式
的序列,选择适合的数据库进行比对。其中,E值和显示结果的数量是重要的参数,而输入序列长度和数据库特性也需留意。本地运行BLAST则需...
如何使用bwa只输出一条比对结果
答:
首先要把所有的序列复制到windows自带的记事本中,全部以
fasta格式
存到同一个文件中,保存成*.txt,序列内部最好不要有空格或者换行.
序列格式
举例如下:“>序列1 ATCG.ATCG >序列2 ATCG.ATCG >序列3 ATCG.ATCG >序列4 ATCG.ATCG”然后用Bioedit打开刚才保存的文件*.txt,点击窗口上方的Accessory ...
fas
格式
怎么转变为con格式
答:
>NM_001354(或其他你喜欢的代码)在
序列
前一行加一个大于号,可以加点注释来标记,换行后粘贴上序列。然后将序列保存为文本文件,最后将拓展名txt换成
fasta
即可。在第一个碱基前打回车,然后在打出来的一行(也就是第一排碱基的上面的空行)加一个大于号就可以了。
格式
为 >名称 碱基序列 用snapgene ...
把
FASTA格式
的文件多行
序列
合并为一行
答:
假如我们有如下
FASTA格式
的文件,我们想把多行
序列
合并为一行,怎么做? 欢迎来到Python的世界,领悟Python的魅力。本教程参考Python经典教程A bytePython和陈同的Python_ training教程常用功能和使用方式,本文在这里特此感谢。>NM_001011874 gene=Xkr4 CDS=151一2091 GCGGCGGCGGGCGAGCGGGCGCGGGAGGAGG...
怎样将DNA
序列
输入clustalx序列分析软件
答:
我用过MEGA 4.0,第一步就有选择clustalx什么的,应该只要把DNA以
FASTA格式
复制到文本文件中(.txt),保存,然后将后缀名改为.fas就行了吧?FASTA格式例:>
序列
1 ATCCG...>序列2 CCTGA...
使用R语言将
fasta
转phylip
格式
答:
使用paml软件里的mcmctree功能需要phylip
格式
的比对结果,找了以下,发现用R包phylotools转化最方便,另外提醒一下要用mcmctree的朋友,我发现mcmctree的
序列
名字长度不能超过50个字符,如果超出的话,建议先改名字再转化。先安装依赖的包(要先装BioConductor):假设
fasta
文件名为: aligned_fasta.fasta 读取fasta...
phyml软件怎么使用
答:
关于这方面的文献非常多,这里作者仅做
简要
的
介绍
。推断基因/蛋白的功能,一般先用Blast工具搜索同一物种中与不同物种的同源
序列
,这包括直向同源物(ortholog)和旁系同源物(paralog)。如何界定这两种同源物,网上有很多详细的介绍,这里不作讨论。然后得到这些同源物的序列,做成
FASTA格式
的文件。一般通过NJ构建进化树,并且...
怎么用ncbi构建不同物种的进化关系
答:
3、然后将5个基因蛋白
序列
合在一个
fasta格式
文件。具体合并就是把文件用文本打开,然后粘贴到一起就行。注意:所有序列的方向都要保持一致。接下来我们进行序列比对,在Alignment里面有AlignmentbyClustalW和Muscle两个选项。其中ClustalWClustalW是现在用的最广和最经典的多序列比对软件,基本原理是首先做...
怎么利用bioedit做
序列
的比较
答:
1、网络搜索下载并安装BioEdit软件。2、将你所要比对的
序列
以
fasta格式
粘贴在文本文档里。3、BioEdit软件打开文本文档,选中所有的序列,按下图方法选择要打开的标签。4、在新的窗口中,按下图所示勾选Note下面的方框(勾选之后可以在比对的结果中用星星表示,方便你看出哪些地方不一致)和运行“RunClustalW...
关于Fastq
格式
的一些想法
答:
@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[]^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~没有特别的规定,通常使用.fq, .fastq, .txt等 FASTQ格式的
序列
一般都包含有四行,第一行由@开始,后面跟着序列的描述信息,这点跟
FASTA格式
是一样的。第二行是序列。第三行由'+'开始,后面也可以跟着序列的描述信息。第四行是第...
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