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简要介绍FASTA序列格式
clustalx 如何导入多个
序列
答:
1、先把
序列
做成一个txt文本,内容最好用
FASTA格式
。打开软件,点击file---》load sequences 即可,继续输入,点击append sequences 即可。2、还有一种方式,时将所有的 序列放在一个文本文档里,用FASTA格式最好。比如:将下列多个序列放到一个文本中,>a atatatatata >c atatatatata >v atatata...
【基因组学】提取基因的启动子
序列
答:
但是思路还是基本一致的。工具:samtools,bedtools,bedops,都可以通过conda一键安装。
序列
文件:基因组文件
fasta
,注释文件gff。2.1 提取gff文件的所有基因位置,并转换成bed
格式
2.2 计算染色体长度 2.3 创建包含promoter位置的bed文件 2.4 根据promoter的位置信息,在基因组序列中抓取promoter的序列 ...
文本文档多个核苷酸
序列
如何转化成
FASTA格式
?
答:
这个容易,自己稍微手动改些就是了。你可以随便下一个NCBI的
fasta
的
格式
看看。我有点记不清了,按照它的格式来写。其实差别就是上面多了一个:>XXX之类的。 最后改好后,保存关闭把文件后缀名改一下。可能有软件可以直接改吧。不知道DNA plus可不可以。上面的方法还是可以的。
如何用mega软件将
fasta格式
文件转换为phy格式文件?
答:
用mega打开
fasta格式
文件,弹出
序列
比对界面,选择菜单Data>Export Alignment>MEGA Format,保存为MEGA格式;关闭界面,提示是否要打开刚才保存的MEGA格式文件,确认;弹出Data Explorer界面,选择Data>Export Data,弹出保存设置界面,可以手动调整各种设置比如文件名,其中在Format处有一个向下的选项菜单,可选MEGA...
Genbank
序列
包含什么?
答:
用户可从GenBank主页上下载Banklt(NCBI提供的WWW
格式
,用于便捷的提交 DNA
序列
的数据)、sequin(NCBI的独立于 操作系统的提交 软件,可用于MAC、PC和UNIX平台,也可以通过FTP远程获取)以及VecScreen(带菌污染物的筛选工具)等便于提交和更新研究成果的 应用软件。其页面上的
简单
检索界面提供19种相关检索...
新手求助:用perl处理
fasta
文件
答:
我大致给你说下,具体自己上bioperl网站看How To。现在假定你的序列都为
fasta格式
,先用 cat *.fasta > single_all_fasta.fasta 将所有
fasta序列
整合到一个fasta格式中。然后编写bioperl脚本(你要事先安装bioperl,在debian和ubuntu下很
简单
,自带源里就有,直接sudo apt-get install bioperl即可,很...
...database(
fasta
)" unless $#ARGV==1,请问什么意思
答:
!/usr/bin/perl -w Author: yqy_135 Program name: fasta-re.pl 用于反转(反向互补)
fasta格式序列
open (IN,"<$ARGV[0]") || die ("\nError: Couldn't open input file (*.txt) !\n\n");my $filename = $ARGV[0];filename =~ s/\.txt//;open (OUT,">$filename.fas");...
信息生物学???
答:
另对
序列
进行酶切,选择一个限制性内切酶可将完整ORF区域的切下来,输出默认的胶图(view gel)要求1.4% agarose和Marker为100bp DNA Ladder。进入orffinder 贴入序列 因为从
fasta格式
的特性中看出是人类 genetic codes 选择2 vertebrate mitochondrial orfind 得出@六图@进入genescan得到@图@所以选择232到696bp在六框...
请问:已经知道
FASTA格式
的氨基酸
序列
,怎样找出这段序列所表示的蛋白序...
答:
进入NCBI 数据库 将此氨基酸
序列
输入 query senquece 区域, 同时输入你要找的生物物种的名称(你的蛋白是人的?还是大肠杆菌的) 进行blast 便可。
如何从NCBI导出GBFF和
FASTA格式序列
答:
先选择是核酸序列还是蛋白的 再将
序列号
输入,再用
fasta格式
打开就好了。
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