11问答网
所有问题
当前搜索:
简要介绍FASTA序列格式
NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
答:
此选项可以将过滤之后的 Fastq 文件中质量值这一行转为 phred-64
格式
。 Trimmomatic 也可以自己制作包含接头和引物
序列
的
fasta
文件,格式可以参考软件自带的 adapters 文件夹中的格式。 adapters 文件夹中包含 illumina 测序 TruSeq2,TruSeq3 针对 SE 和 PE 的通用接头和引物序列。 已赞过 已踩过< 你对这个...
进化树构建需要哪些工具
答:
关于这方面的文献非常多,这里作者仅做
简要
的
介绍
。推断基因/蛋白的功能,一般先用Blast工具搜索同一物种中与不同物种的同源
序列
,这包括直向同源物(ortholog)和旁系同源物(paralog)。如何界定这两种同源物,网上有很多详细的介绍,这里不作讨论。然后得到这些同源物的序列,做成
FASTA格式
的文件。一般通过NJ构建进化树,并且...
clustal结果文件
格式
特点
答:
clustal结果文件格式特点是输入
序列
的格式的文件非常灵活。可以是
FASTA格式
,也可以是GDE,PIR,RSF,GCG/MSF等格式。输出格式也非常的灵活,能够是ALN,GCG,PHYLIP,NEXUS等格式。它能够有两种工作模式,多序列对比工作模式,剖面对比模式。将待研究序列加入到一组与之同源,但来自不同物种的序列中进行多序列...
...
序列
是从NCBI上粘贴下来的,但是word和txt
格式
无法Clustal比对,有高人...
答:
从NCBI上可以直接下载各种格式的序列文件,clustal是可以读取
fasta格式
的。具体看看图吧。图示搜索核酸序列之后,选择自己想要的序列然后下载到本地磁盘。序列下载下来就可以用clustal打开了。另外,最好不要把
fasta序列
文件放到桌面,貌似有些版本的clustal不能装入放在桌面的序列文件。
Multalin方法原理
答:
MultAlin方法基于双重比对的思路,首先将
序列
进行分层次聚类,每个聚类后进行多序列比对,计算新比对值,并根据这些值调整树形结构。这个过程不断迭代,直到比对值不再上升,比对结束。在实际操作中,用户在INRA Toulouse的环球网点上,只需将
FASTA格式
的序列粘贴到输入框,选择输出格式、输入格式、分值矩阵(...
用CLustal W怎么判断基因
序列
的相似性
答:
用CLustal W怎么判断基因序列的相似性 从NCBI上可以直接下载各种格式的序列文件,clustal是可以读取
fasta格式
的.具体看看图吧.图示搜索核酸序列之后,选择自己想要的序列然后下载到本地磁盘.序列下载下来就可以用clustal打开了.另外,最好不要把
fasta序列
文件放到桌面,貌似有些版本的clustal不能装入放在桌面的序列...
tree-puzzle
答:
关于这方面的文献非常多,这里作者仅做
简要
的
介绍
。推断基因/蛋白的功能,一般先用Blast工具搜索同一物种中与不同物种的同源
序列
,这包括直向同源物(ortholog)和旁系同源物(paralog)。如何界定这两种同源物,网上有很多详细的介绍,这里不作讨论。然后得到这些同源物的序列,做成
FASTA格式
的文件。一般通过NJ构建进化树,并且...
如何使BLAST程序在windows计算机上本地化
答:
7. Blast本地化:在Blast本地化程序所在文件夹创建test.txt文件,将需要Blast的
序列
以
fasta格式
存于该文件中,打开dos窗口,访问Blast本地化程序所在文件夹,输入Blastn命令:blastall -p blastn -d nt.fas -i test.txt -o out.txt wk_ad_begin({pid : 21});wk_ad_after(21, function()...
Mafft--用于多
序列
比对
答:
input format is
fasta
.用法非常
简单
,主要是看中间的High accuracy这里。运行后的结果如下图。按照最长
序列
,把相应位置的aa标出来,有gap的地方,则用---补齐。output的仍然是fa文件。到此,就完成了MAFFT的多序列比对了.如果是直接导入MEGA,fa
格式
也是没有问题的,因为MEGA里是没有MAFFT这种比对方式...
用awk和sed快速将
fasta格式
的
序列
改成一行显示
答:
`> sq1 foofoofoobar foofoofoo For awk: awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' YourFile For sed: sed -n '1{x;d;x};${H;x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};/^>/{x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};H' YourFile Today, I w...
棣栭〉
<涓婁竴椤
6
7
8
9
11
12
13
14
10
15
涓嬩竴椤
灏鹃〉
其他人还搜