员工是分公司的，在分公司发工资，可能分公司没有办理社保登记，也不想在分公司有税收业务发生，就在总公司给他交个税和保险，理论上工资，个税和保险要一地统一，总公司要给做工资。
1、扣缴义务人的确定。
根据《个人所得税法》第八条“个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人”之规定。
另，据国税函1996 602号规定第三条，对扣缴义务人按以下标准认定：
关于扣缴义务人的认定
扣缴义务人的认定，按照个人所得税法的规定，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。由于支付所得的单位和个人与取得所得的人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。为保证全国执行的统一，现将认定标准规定为：凡税务机关认定 对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。
2、纳税地点的确定。
根据《税收征收管理法实施细则》第十三条“扣缴义务人应当自扣缴义务发生之日起30日内，
向所在地的主管税务机关申报办理扣缴税款登记，领取扣缴税款登记证件”。据此，扣缴义务人应当在其所在地缴纳代扣之税款。
3、结论：应在扣缴义务人所在地的主管税务机关缴纳。而扣缴义务人的确定，还需要税务机关的认定。因此，是总公司还是分公司为扣缴义务人，需要具体问题具体分析，不能一概而论。
扩展资料
分公司的法律地位
公司根据生产经营的需要，可以设立分公司。分公司是相对于总公司而言的，它是总公司的组成部分。分公司不论是在经济上还是在法律上，都不具有独立性。分公司的非独立性主要表现在以下方面：
一是分公司不具有法人资格，不能独立享有权利、承担责任，其一切行为的后果及责任由总公司承担;
二是分公司没有独立的公司名称及章程，其对外从事经营活动必须以总公司的名义，遵守总公司的章程;
三是分公司在人事、经营上没有自主权，其主要业务活动及主要管理人员由总公司决定并委任，并根据总公司的委托或授权进行业务活动;
四是分公司没有独立的财产，其所有资产属于总公司，并作为总公司的资产列入总公司的资产负债表中。
基于上述特性，《公司法》第14条明确规定了分公司的法律地位，即：分公司不具有企业法人资格，其民事责任由总公司承担。设立分公司，应当向分公司所在地的公司登记部门登记，分公司在登记后应当领取分公司的营业执照。
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国公司法