2009年全国大学高校发酵工程专业排名|排行榜
http://www.chinese521.cn/htm/2009719/1035.htm1、江南大学（国内发酵工程专业最好的）
生物工程学院的渊源是建于1952年的南京工学院发酵工程专业，是我国同类学科领域中最早设立的学科点。学院下设生物科学系、发酵工程系、生物制药系、生物化工系和环境科学与工程系。其中，发酵工程学科为国家级重点学科、江苏省十一个“重中之重”学科之一，是国内首批硕士学位授予点、最早的博士学位授予点之一。目前，学院拥有轻工技术与工程一级学科学位授予权（涵盖包括发酵工程在内的4个博士点）和环境工程博士学位授予点，设有发酵工程、环境工程、生物化工、微生物学、生物化学与分子生物学、微生物与生化药学等6个硕士学位授予点，建有生物工程、环境工程、制药工程、生物科学四个本科专业。生物工程专业被评为江苏省高等学校品牌专业。
目前，学院专任教师中有中国工程院院士1名，教授24名、副教授43名，博士研究生导师16名，硕士生导师41名。
http://biotech.jiangnan.edu.cn/in.asp?menu=1&inid=1012、华南理工大学
发酵工程学科（隶属于轻工与食品学院）是华南理工大学最早设立的二级学科之一，是广东省重点学科，其研究方向包括微生物工程、酶工程、生化工程、生物合成和生物转化等。
3、华东理工大学
地处于上海大学，就业自然不是问题。
4、南京农业大学
发酵工程专业源于1993年设立动物食品科学硕士点，1998年1月获批食品科学博士点中的食品微生物与食品生物技术研究方向。
随着多年建设，发酵工程专业已建立了学历层次高、年龄结构合理的师资队伍，同时着眼于学科建设需要，择优引进归国人才，加强在职教师深造，学院现有在职教师28名，其中教授7名，副教授13名，讲师4名，在职教师中具有博士学位的7名，在读博士10名，博士生导师6名，硕士生导师10名。
学院现有1个博士点（食品科学）、4个硕士点（食品科学、发酵工程、农产品贮藏与加工工程、粮食、油脂及植物蛋白工程）。
5、天津大学
http://chemeng.tju.edu.cn/hgxy/index.php?t=l&pid=2&sid=161我就为你列这这所学校吧，这些学校的师资力量是很强，就业也不是问题，选哪个学校要依据自己的实力而定。
参考资料：http://www.chinese521.cn/htm/2009719/1035.htm